图木舒克，原名图木休克，维吾尔语意为“鸟嘴”，因有图木舒克山，峰形似鸟嘴，以山得名。1950年4月，设图木休克区；1997年，建立图木休克市，兵团办公厅建议改为图木舒克市；2002年9月，国务院同意设立自治区直辖县级图木舒克市，市人民政府驻齐干却勒。 2012年12月，经中央编办批准，兵团将13个农业师名称更名，“新疆生产建设兵团农业建设第三师”更名为“新疆生产建设兵团第三师”。
图木舒克市主要景点有新疆屯垦历史博物馆、唐王城等。 2022年12月27日，图木舒克市入选“2021—2025年度第二批全国科普示范县（市、区）名单”。 2023年3月30日，图木舒克市入选“公共就业创业服务示范城市创建名单”。 2023年4月21日，图木舒克市入选“第二批创新型县（市）建设名单”。
历史沿革
西汉神爵二年（前60年），在乌垒设西域都护府，今图木舒克市、巴楚县一带隶属西汉都护府管辖。
东汉建武五年（29年），莎车王康率傍国拒匈奴，河西大将军窦融承制立康为莎车建功怀德王、西域大都尉，今图木舒克市、巴楚县一带属莎车王管辖。
唐永徽二年（651年），瑶池都督阿史那贺鲁叛乱，安西四镇失陷，安西都护府撤回西州。今图木舒克市、巴楚县一带为阿史那贺鲁势力范围。
唐显庆三年（658年），唐朝平定西突厥阿史那贺鲁叛乱，以其地设昆陵、蒙池都护府，其所属诸国皆属州、府管辖，安西都护府后移龟兹。今巴楚一带设蔚头州（即今托库孜萨来古城），属龟兹都督府管辖。
唐景福二年（893年），喀拉汗王朝奥古尔恰克（卡迪尔汗）与中亚萨曼王朝交战失利，迁都喀什噶尔。此后喀拉汗王朝不断扩大在塔里木盆地的势力范围，今图木舒克市一带为其领地。
北宋建隆元年（960年），喀拉汗王朝木萨·本·阿不都克里木汗（阿尔斯兰汗）定伊斯兰教为国教，今图木舒克市逐步伊斯兰化，其他宗教相继衰亡。
蒙古太祖十三年（1218年），成吉思汗派部将，占领天山南路各城，今图木舒克市、巴楚县一带复归蒙古统治。
蒙古太祖二十年（1225年），成吉思汗分封诸子，锡尔河以东的游牧区为察合台封地，今图木舒克市一带为察合台势力范围。
明正德九年（1514年），东察合台汗国阿黑麻汗之子萨亦德建立叶尔羌汗国，今图木舒克市、巴楚县一带属其管辖。
清乾隆二十四年（1759年），平定大小和卓叛乱后，确立军台，成为官道。清政府自叶尔羌起，从南向北，由西向东沿路设立13个军台，今图木舒克市五十一团境内设图木舒克台（又称九台）。
清乾隆二十五年（1760年），巴尔楚克设立六品阿奇木伯克（总理一地事）1员，并发给印，辖属叶尔羌办事大臣，后又添设七品明伯克（管辖千人）2员。其中1员为察特西林（今图木舒克市五十三团）伯克。
清光绪十年（1884年），新疆建省，新疆军台改为驿站。
清宣统三年（1911年），图木舒克军台命名为图木舒克驿站。
民国三十二年（1943年）11月，巴楚县全面推行保甲制，图木休克为民治乡。
1950年4月，中共巴楚县委员会在全县设6个区，图木休克为三区，也叫图木休克区。
1958年7月，巴楚全县人民公社化，原图木休克区公所改为图木休克公社管理委员会。
1960年，自治区农垦厅在图木休克组建巴楚总场，原图木休克第一、第二分场改为巴楚总场一、二分场。
1965年3月20日，巴楚县图木休克公社与农垦厅图木休克垦区合并，成立农垦厅小海子垦区。
1969年2月24日，图木休克总场及小海子水库划归农三师建制，原总场所属分场改为团级农场建制。
1969年10月24日，小海子水库管理处与建筑工程二团合并为农三师水利工程团。
1975年5月21日，撤销兵团建制，农三师并入喀什地区，喀什地区成立农垦局，负责对各团场的管理。
1976年2月16日，小海子垦区农业团场相继撤团改称农场。
1981年12月3日，自治区根据党中央《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》（〔1981〕45号）精神，批准新疆生产建设兵团和各农业师恢复办公和使用新番号。
1982年4月1日，农三师小海子垦区所属团场恢复建制，复归农三师领导。
1997年，中共中央下发通知（中发〔1997〕17号），决定在兵团农三师小海子垦区建立图木休克市，根据地名从雅的惯例，兵团办公厅建议改为图木舒克市。
1998年5月20日，农三师成立前海垦区管理局（兵编发〔1998〕15号），为师派出机构，代表农三师管理小海子垦区的政治经济、社会等方面的工作，负责图木休克市的筹建工作。
2002年9月17日，国务院（国函〔2002〕82号）同意设立自治区直辖县级图木舒克市，市人民政府驻齐干却勒。
2004年1月19日，图木舒克市举行成立挂牌仪式。同年6月14日，兵团实行农牧团场机构改革。
2012年12月24日，经中央编办批准，兵团将13个农业师名称更名，“新疆生产建设兵团农业建设第三师”更名为“新疆生产建设兵团第三师”。
2014年6月26日，经国务院批复同意，将原四十一团区域、喀什地区疏勒县巴合齐乡部分区域、塔孜洪乡部分区域，疏附县布拉克苏乡部分区域，克孜勒苏克尔克孜自治州阿克陶县皮拉勒乡部分区域划归整合，形成了新的草湖镇，隶属图木舒克市管辖。
2014年11月8日，图木舒克市草湖镇挂牌仪式在四十一团团部举行。
2019年12月20日，自治区人民政府同意调整图木舒克市与喀什地区岳普湖县、麦盖提县、巴楚县、莎车县、伽师县部分行政区域界线，将兵团第三师42团、45团、46团、前进水管处、48团、54团、伽师总场已确权区域划入图木舒克市管辖，涉及区域总面积1620.91平方千米。
2024年12月6日，第三师图木舒克市设立兴边镇（托云牧场）、红石榴镇（红旗农场）。
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